15 listopada podniósł rękę uzbrojoną w czekan na królewski majestat. Dwanaście dni później tę samą rękę przypiekać mu będzie kat nad otwartym ogniem.
Sąd sejmowy skazał Michała Piekarskiego na infamię i pozbawienie praw i przywilejów szlacheckich. Jak zwykłego człowieka miał go zatem potraktować marszałek wielki koronny wydając wyrok opisujący ze szczegółami jego przyszłą kaźń. A że nie było dotychczas takiego przypadku, nie było też wzorców krajowych, w jaki sposób potraktować królobójcę. Paradoksalnie nieco, w sukurs przyszła marszałkowi ta sama historia z Francji, która miała wcześniej pobudzić wyobraźnię Piekarskiego i skłonić go do zamachu. Chodzi oczywiście o zabójstwo króla Henryka IV na ulicy de la Ferronnerie 14 maja 1610 roku i o wyrok na jego zabójcy François Ravaillacu.
Świadkiem jego egzekucji był przebywający wówczas w stolicy Francji 19-letni Jakub Sobieski, ojciec przyszłego króla. I to na jego relacji być może oparł się marszałek Michał Wolski wydając następujący wyrok: „Lubo nie ma żadnej kary na świecie, któraby popełnionej przez Michała Piekarskiego zbrodni wyrównać mogła, gdy jednak nieszczęśliwy i obrzydły zbrodzień, ukarany podług słuszności i prawa być musi, przeto i ze zlecenia najwyższego senatu i na mocy urzędu, takową nań karę oprócz kar wymierzonych i oznaczonych wyrokiem senatu , stanowimy. Naprzód z miejsca więzienia, w którym zostaje, wyprowadzony będzie przez kata oraz jego oprawców wsadzony na wóz do tego sporządzony będzie. Mając skrępowane ręce i nogi, przywiązany do wozu tak zostanie, aby postać siedzącego zachował. Zasiądzie przy nim swe miejsce kat z oprawcami, trzymającymi swe narzędzia, ogień siarczysty i rozżarzone węgle, obwożon będzie przez rynek i ulice miasta. W miejscach wyznaczonych obnażonego czterema rozpalonemi szczypcami oprawcy szczypać będą. Gdy na miejscu kary staną, z woza na rusztowanie umyślnie wystawione, a na 8 łokci od ziemi wyniesione przeprowadzony zostanie. Tam mu kat ów czekan żelazny, który na Najjaśniejszego króla JMci się targnął do ręki prawej włoży, i z nim razem rękę bezbożną i świętokradzką nad płomieniem ognia siarczanego palić będzie, dopiero gdy wpół dobrze przepalona będzie, mieczem odetnie; toż z lewą ręką, bez przypalania jednak uczyni. Poczem czterema końmi ciało na cztery części roztargane, a obrzydłe trupa sztuki, na proch na stosie drew spalone zostaną. Nakoniec proch w działo nabity, wystrzał w powietrzu rozproszy”.
I tutaj kończy się oficjalny dokument świadczący o losie Piekarskiego. Inne bowiem, na których trzeba się opierać, odtwarzając egzekucję, to wspomnienia jej świadków lub druki tak zwane ulotne. A one różnią się między sobą. Jedne powielają wersje o kaźni odbytej, zgodnie z warszawską tradycją na placu między murami obronnymi, „Piekiełkiem” zwanym. Drudzy piszą o rynku Nowego Miasta, na którym miała się rozegrać główna część dramatu. Czy możemy jednoznacznie określić, że któraś wersja jest właściwa? Nie, choć bardzo wiarygodnym wydaje się opis zawarty w pamiętnikach Samuela Maskiewicza, uczestnika ówczesnego posiedzenia sejmu: „Wyjechali z zamku na wał bramą, a wjeżdżając na przedmieście Krakowskie, także z ulicy w rynek wjeżdżając, z rynku w ulicę ku nowemu Miastu, także na nowe Miasto w rynek wjeżdżajac, siepał go kat kleszczami rozpalonemi, a tam mu na nowem mieście teatrum było zbudowane na które z nim wszedłszy oprawcy pod ręce na zad związane, podsadzili dymnicę z ogniem, siarki weń nasypawszy, palili je mieszkami dymając; potem zszedłszy z nim z góry, te cztery konie wyprzągłszy z wozu, poprzywiązywali postronki do rąk i do nóg, chcąc go roztargnąć, ale iż temu dosyć nie mogli uczynić, nacinał kat siekierą, a wycinając konie, urwali nogę mu prawą. Zatem samego wziąwszy, i te targane członki , włożyli na stos drew i spalili”.
Drugą sprawą sporną jest również późniejszy los prochów zamachowca. Brak jest bowiem potwierdzenia w dokumentach faktu wystrzelenia ich w powietrze, zgodnie z marszałkowskim wyrokiem. Przeciwnie w kilku ówczesnych tekstach, jak na przykład u biskupa Pawła Piaseckiego znajdziemy takie zdanie: „(…) toż uwięzionemi do nóg i w przeciwne strony napędzonemi końmi rozerwane ciało ogień strawił i pozostałe popioły w nurtach Wisły zatopił”. Podobnie wyraził się anonimowy pamiętnikarz: „(…) końmi roztargany został, na ostatek ciało spalone i popiół w Wisłę rzucony”. Nie ma również w dosyć szczegółowym kosztorysie egzekucji zachowanym do dzisiaj punktu dotyczącego kosztów przygotowania armaty do wystrzału, a są w nim przecież groszowe nawet opłaty „za smolone beczki (15 groszy), za słomę do podniecania 10 groszy), za dwie dunice (8 groszy)”, nie mówiąc już o najdroższej w nim pozycji „A. Gramatice od czterech koni, co go wozili i co go nimi targano, dał mu pan Henryk florenów 10 a pan burmistrz Korb florenów 30”. Może zatem rzeka rzeczywiście prochy Piekarskiego pochłonęła, tak jak w starym Rzymie prochy i zwłoki skazańców Tyber pochłaniał.
Całe zaś wydarzenie trwało kilka godzin, bowiem rozpoczęło się o godzinie 9 rano postawieniem oskarżonego przez senatem Rzeczypospolitej, w celu odczytania mu wyroku. Zakończyła się zaś około godziny 16. Ponoć w momentach największego bólu zbrodniarz krzyczał i jęczał, a jednak nie prosił o przebaczenie. Jedyne czego, według świadków, żałował, to że zawiodła go ręka i że celu chybiła.
A mieszkańcy Nowego Miasta jeszcze potem długo opowiadać mieli, zwłaszcza przekupki wszystkowiedzące, „iż widywać było na tamtem miejscu, po kilka nocy, światłość jakąś, jakoby świecę zapaloną; prawdali? nie twierdzę, bom sam nie widział, ale słyszał od różnych”. Tymi słowy kończy swoją relację Samuel Maskiewicz.